Suomen Atlantti-Seuralla on puheenjohtaja, kaksi varapuheenjohtajaa, hallitus ja pääsihteeri.
Suomen Atlantti-Seuran ensimmäinen puheenjohtaja oli ministeri Jaakko Iloniemi (1999-2001). Hänen jälkeensä yhdistyksen puheenjohtajina ovat toimineet ministeri Paavo Rantanen (2002-2004), Elinkeinoelämän Valtuuskunnan johtaja, tohtori Risto E. J. Penttilä (2005-2008) sekä ministeri Liisa Jaakonsaari (2009-2023). Ministerit Iloniemi, Rantanen ja Jaakonsaari on kutsuttu yhdistyksen kunniapuheenjohtajiksi.
H A L L I T U S 2 0 2 4
Puheenjohtaja
Pankinjohtaja, entinen Euroopan komission varapuheenjohtaja ja pääministeri Jyrki Katainen
Varapuheenjohtajat
EU- ja ulkopolitiikan asiantuntija Jari Haapiainen
Kansanedustaja, Yhdysvaltain politiikan tutkija Jani Kokko
Hallituksen jäsenet
Suomen Nato-edustuston päällikkö, suurlähettiläs Piritta Asunmaa
Kansainvälisen politiikan professori Tuomas Forsberg
Puolustusministeriön puolustuspoliittisen osaston osastopäällikkö, ylijohtaja Janne Kuusela
Merisotakoulun johtaja, kommodori Tuomo Mero
Kansanedustaja, filosofian tohtori Sakari Puisto
Helsingin Sanomien päätoimittaja Laura Saarikoski
Ministeri Pertti Salolainen
TELAn toimitusjohtaja Suvi-Anne Siimes
Euroopan parlamentin jäsen Henna Virkkunen
Senior Advisor Stefan Wallin
Pääsihteeri
Valtiotieteen maisteri Terhi Suominen